Ponadto zapewniała opiekę władz terenowych.
Wiosną 1943 prof. Passendorfer zorganizował grupę terenową dla opracowania genezy doliny Wilii. Znalazły się w niej także Janina Marcinkiewicz, Stanisława Gortyńska i Zofia Dąbrowska, które po wojnie zostały zatrudnione w Państwowym Instytucie Geologicznym w Warszawie. W Litewskim Urzędzie Geologicznym Janina Marcinkiewicz pracowała do chwili wyjazdu z Wilna we wrześniu 1945.
W 1943 wyszła za mąż za Ryszarda Pacowskiego, który pochodził z Litwy Kowieńskiej. W 1944 przyszedł na świat ich syn Zbigniew.
Janina Marcinkiewicz-Pacowska przez cały okres wojny prowadziła działalność konspiracyjną. Od 1939 była harcerką Chorągwi Wileńskiej i prowadziła Zastęp Szczyty. Następnie, aż do 1944, jako żołnierz Szarych Szeregów, uczestniczyła w wielu akcjach. Brała udział w pomocy rodzinom wywożonym do Kazachstanu, udzielała wsparcia Żydom, dostarczała paczki do więzienia i pomagała partyzantom w przejściu przez granicę. Utrzymywała kontakty z oddziałami AK, które działały w odległości kilkudziesięciu kilometrów od Wilna. Uczestniczyła także w tajnym nauczaniu, w kompletach szkolnictwa podstawowego.