Gdy walka dobiegła końca okazało się, że średnio żołnierzom Macdonalda pozostało po dwa naboje.
Dzięki jego zasługom pod Omdurmanem nazwisko MacDonalda stało się znane w każdym brytyjskim domu, a on sam został awansowany na stopień pułkownika. Otrzymał tytuł aide-de-camp królowej Wiktorii oraz osobiste podziękowania od parlamentu, w tym nagrodę pieniężną. Stał się jedną z największych szkockich sław; 12 maja tego samego roku został ogłoszony „jednym z bohaterów Omdurmanu” i zaproszony na oficjalny obiad przez radę miasta Edynburga. Wiele osób uważało, że to MacDonald, a nie Kitchener był prawdziwym bohaterem.
W październiku 1899 MacDonald otrzymał tymczasową rangę generała brygady (brigade general) na czas dowodzenia dystryktem wojskowym w Indiach, ale z powodu wybuchu II wojny burskiej otrzymał rozkaz dowodzenia brygadą szkockiej piechoty (Highland Brigade), w składzie sił Kitchenera i jego szefa sztabu, lorda Robertsa. 18 stycznia 1900 roku przybył więc do Kapsztadu i 6 dni później objął dowództwo nad szkockim oddziałem w Modder River. . Za służbę w czasie wojny został odznaczony Orderem Łaźni w stopniu komandora.