W maju 1901 powrócił do Wielkiej Brytanii, ale nie spędził tam wiele czasu. Wkrótce po powrocie wyruszył do Indii, gdzie objął dowództwo nad wojskami znajdującymi się na terenie dystryktu Belgaum, niedaleko Madrasu. W 1902 został mianowany Zwierzchnikiem Brytyjskich Sił Zbrojnych na Cejlonie. 26 marca 1902 przybył na miejsce i objął dowództwo nad przydzielonymi mu oddziałami.
Skandal na Cejlonie Podczas służby na wyspie, MacDonald był zirytowany zaniedbaniami i niskim morale żołnierzy brytyjskich (głównie synów plantatorów), wyznaczonych do pilnowania porządku na terenie kolonii. Przez cały okres swojego pobytu pilnował, by zachowywali się oni adekwatnie do pełnionej przez nich służby. Jego surowe podejście do dyscypliny oraz miejscowych władz sprawiło, że pewnego dnia publicznie znieważył gubernatora Cejlonu, sir Josepha Ridgewaya nakazując mu by „nie wtrącał się w nie swoje sprawy”, gdy ten zarzucił mu spędzanie większości czasu z rdzennymi mieszkańcami wyspy, zamiast z brytyjską częścią społeczności. Wkrótce potem pojawiły się plotki według których, MacDonald miał utrzymywać homoseksualne stosunki z dwójką miejscowych nastolatków. Prawdziwe zarzuty wobec generała pojawiły się jednak, gdy brytyjski plantator poinformował Ridgewaya, że nakrył generała w jednym z wagonów kolejowych z czterema miejscowymi chłopcami.