Od 2018 roku, wznowione zostało wydawanie Rocznika Naukowego "Harcerstwo". Ukazuje się on w wersji papierowej i elektronicznej. Nazwa i tradycja nawiązują do miesięcznika „Harcerstwo”. Jest to powrót do tego tytułu po ponad 20 latach.
Muzeum opublikowało również 3 tomy Przewodnika Archiwalnego po zbiorach Muzeum Harcerstwa, współfinansowanego ze środków Naczelnej Dyrekcji Archiwów Państwowych. Są to:
Przewodnik po zbiorach„Zespół 1911-1939” oraz „Zespół wspomnień i historii lokalnych” (2016) Przewodnik po „Zbiorze akt 1939-1945” i „Zbiorze spuścizn” (2017) Przewodnik po „zbiorze akt personalnych członków Szarych Szeregów”( 2019)
Od 2008 roku, wydawany jest tematyczny kalendarz związany z aktualną rocznicą lub postacią z historii harcerstwa. Do tej pory ukazały się:
Olga i Andrzej Małkowscy (2008) Rok stulecia harcerstwa - najciekawsze wydawnictwa w zbiorach Muzeum (2010) 20-lecie powrotu ZHP do światowej rodziny skautowej (2016) Przewodniczący ZHP 1990-1996, harcmistrz Stefan Mirowski (2017) Harcerskie Zloty w 100 lecie Związku Harcerstwa Polskiego (2018) Szare Szeregi, 80. rocznica przejścia ZHP do konspiracji(2019) Harcerska Straż nad Wisłą 1920 - 2020 (2020) 20 lat Muzeum Harcerstwa w 100.