Pod koniec roku 1775 został przedstawicielem Zakonu w sądzie cesarza] w Wiedniu. Służbę tę pełnił przez następne 25 lat. Następnego roku został podniesiony do rangi posiadacza Wielkiego Krzyża, co uczyniło go członkiem Stałej Rady Zakonu. W tym okresie starał się zjednoczyć protestancką gałąź Zakonu, powstałą w Niemczech, z Zakonem katolickim. Nie doszło to do skutku z powodu sprzeciwu rycerzy niemieckich. W latach następnych otrzymywał zwierzchnictwo nad komturiami w Rothenburgu (1777), Herford (1783), Bazylei i Dorlisheim (1785) – gdzie jego Chateau Saint Jean jest teraz główną siedzibą firmy Bugatti Automobiles, Sulz, Colmar i Miluzie (1786) oraz Villingen-Schwenningen, w Schwarzwaldzie (1796). W roku 1796 został mianowany Wielkim Baliwem (Grand Bailiff) Języka Niemieckiego, stacjonującym w Brandenburgii.
left|thumb|Brama Hompescha w mieście Żabbar. 17 lipca 1797 roku Ferdinand von Hompesch został wybrany Wielkim Mistrzem, co dało mu również tytuł „Książę Kościoła”. Jako Wielki Mistrz, podniósł miasteczka (town) Żabbar, Żejtun oraz Siġġiewi do statusu miasta (city).