Utrata Malty W roku 1798 Hompesch został uprzedzony, że , płynąca do Egiptu pod wodzą Napoleona, zamierza również zaatakować Maltę. Niestety zlekceważył on ostrzeżenie i nie podjął żadnej akcji, aby wzmocnić obronę wyspy. 6 czerwca 1798 roku, przednia eskadra floty francuskiej osiągnęła Maltę. Zezwolono jednemu okrętowi na wpłynięcie do portu, w celu naprawy uszkodzeń. 9 czerwca przybyła reszta floty. Francuzi mieli 29 000 mężczyzn przeciwko 7000 Hompescha. Napoleon zażądał możliwości wpłynięcia do portu całej floty, pod pretekstem pobrania świeżej wody. Hompesch odpowiedział, że jedynie dwa okręty mogą wpłynąć do portu jednocześnie. Napoleon uznał to za prowokację i zarządził inwazję na wyspy.
thumb|290px|Moneta o nominale 30 , datowana 1798, wybita przez Ferdinanda von Hompesch. 10 czerwca rozpoczęło się schodzenie Francuzów na ląd. Siły francuskie były wspomagane przez miejscowych powstańców, wielu z Maltańczyków chciało usunięcia Zakonu z wysp. Ponieważ reguły Zakonu zakazywały walki z innymi chrześcijanami, wielu francuskich członków Zakonu nie chciało walczyć z najeźdźcami. Hompesch skapitulował 11 czerwca. Następnego dnia podpisany został układ, w którym Zakon przekazał francuskiemu Dyrektoriatowi władzę nad wyspami.