19 maja 1798 roku, z Tulonu wypłynęła francuska flota, przewożąca wojska ekspedycyjne w sile ludzi, dowodzone przez generała Napoleona Bonaparte. Celem tych sił był Egipt, Napoleon pragnął rozszerzyć francuskie wpływy na inne kontynenty oraz zmusić Anglików do zawarcia pokoju w wojnach rewolucyjnej Francji, które rozpoczęły się w roku 1792. Płynąc na południowy wschód, konwój zabrał dodatkowy transport z włoskich portów, i 9 czerwca o godz. 5.30 przybył do Valletty, silnie ufortyfikowanego miasta-portu na wyspie Malta. W tym czasie Malta wraz z sąsiednimi wyspami znajdowała się pod władzą Zakonu Rycerzy św. Jana, starego i wpływowego zakonu rycerskiego, osłabionego przez utratę większości swoich wpływów podczas rewolucji francuskiej. Zakon, który rządził większością maltańskiego społeczeństwa na wyspach, tworzyli mężczyźni z wielu krajów europejskich, w tym bardzo wielu Francuzów. Na jego czele stał wielki mistrz Ferdinand von Hompesch zu Bolheim, który odmówił żądaniu Bonapartego, aby cały konwój wpłynął do portu w Valletcie i pobrał zaopatrzenie, argumentując, że neutralność Malty zezwala na wpłynięcie jedynie dwóch okrętów w jednym czasie.