thumb|Kapitulacja Malty przed generałem Bonaparte Otrzymawszy taką odpowiedź, Napoleon natychmiast rozkazał flocie ostrzelać Vallettę, a 11 czerwca generał Louis Baraguey d’Hilliers wysadził desant kilku tysięcy żołnierzy, którzy dokonali inwazji w siedmiu strategicznych miejscach wyspy. Francuscy joannici zdezerterowali, a pozostali nie zorganizowali znaczącego oporu. Około 2000 członków maltańskiej milicji broniło się w Mdinie przez 24 godziny, jednak zbiegli do Valletty, kiedy miasto poddało się generałowi Claude-Henri Belgrandowi de Vaubois. Chociaż Valletta była wystarczająco silna, aby wytrzymać długie oblężenie, Bonaparte wynegocjował z Hompeschem kapitulację. W zamian za posiadłości we Francji i rekompensaty pieniężne dla siebie oraz rycerzy zakonu, wielki mistrz zgodził się oddać Maltę wraz z wszystkimi bogactwami Francuzom. Bonaparte pozostawił na wyspach francuski garnizon, w sile 3000 ludzi pod wodzą de Vaubois, a sam z resztą ekspedycji wypłynął 19 czerwca na wschód, w kierunku Aleksandrii.
Bitwa morska pod Abukirem