Konwój Bonapartego ścigała eskadra czternastu brytyjskich okrętów pod wodzą kontradmirała sir Horatio Nelsona, który dowiedział się o inwazji na Maltę, będąc zakotwiczony na Sycylii. Postanowił przechwycić Francuzów w drodze do Egiptu. Okręty Nelsona wyprzedziły przeciwnika w nocy 22 czerwca w ciemnościach, bez ujawniania swojej obecności, i przybyły do Aleksandrii przed Napoleonem, w dniu 28 czerwca. Wierząc, że Francuzi muszą mieć inny cel, następnego dnia Nelson zawrócił na północ, aby sprawdzić wybrzeża Anatolii. Przez to spóźnił się na przybycie Bonapartego 30 czerwca, o niecałe 24 godziny. Nie napotykając na przeciwnika, Bonaparte przybył i pomaszerował na Aleksandrię, zajął miasto, po czym skierował się w głąb lądu. Flota dostała rozkaz, aby zacumować w zatoce niedaleko wsi Abu Kir i tam oczekiwać na dalsze dyspozycje. 1 sierpnia Nelson zawrócił w stronę egipskiego wybrzeża i odkrył zakotwiczone francuskie okręty. Atakując natychmiast, okręty Nelsona zdołały zdobyć dziewięć okrętów liniowych przeciwnika i zniszczyć dwa, w tym okręt flagowy „L’Orient”, odnosząc tylko umiarkowane uszkodzenia.