Zniszczywszy francuską flotę śródziemnomorską, Royal Navy uzyskała kontrolę nad całym akwenem, w czym wsparły ją floty Portugalii, Neapolu, Imperium Rosyjskiego oraz Imperium Osmańskiego, krajów naprędce zorganizowanej II Koalicji przeciwko Francji.
Powstanie maltańskie
thumb|Kanonik Francesco Saverio Caruana, jeden z liderów powstańców maltańskich. Został później biskupem Malty
Na Malcie Francuzi niespodziewanie rozwiązali Kościół katolicki oraz wszystkie instytucje Zakonu Maltańskiego. Dobra kościelne zostały złupione i zajęte, aby opłacić ekspedycję do Egiptu. Działania te wywołały falę gniewu wśród głęboko wierzącego, katolickiego społeczeństwa Malty. Te nastroje doprowadziły 2 września, podczas aukcji kościelnego majątku, do wybuchu powstania. W ciągu kilku dni tysiące powstańców zaczęło oblegać francuski garnizon w Valletcie. Miasto zostało otoczone przez około ochotników maltańskich pod dowództwem Emmanuela Vitale, Vincenza Borga i kanonika Francesca Saveria Caruany. Maltańczycy byli uzbrojeni w 23 działa i niewielką eskadrę kanonierek przybrzeżnych. Chociaż nastąpiło kilka utarczek pomiędzy powstańcami a garnizonem francuskim, twierdza była zbyt silna do zdobycia przez siły nieregularne.