W połowie września na wyspę przybyła eskadra okrętów portugalskich. W jej skład wchodziły: „Príncipe Real” (90 dział, komandor Puysigur), „Rainha de Portugal” (74; komandor Thomas Stone), „São Sebastião” (74; kmdr Mitchell), „Afonso de Albuquerque” (74; kmdr Donald Campbell), oraz bryg „Falcão” (24; kmdr Duncan). Kapitanowie czterech z nich byli Brytyjczykami, służącymi pod dowództwem Domingosa Xaviera de Limy, markiza de Nisa. Dodatkowo brytyjski okręt HMS „Lion” (kmdr Manley Dixon) oraz brander HMS „Incendiary” (komandor George Baker) dołączyły do eskadry. Rząd Portugalii przysłał te okręty dla wsparcia sił Nelsona. Po krótkim postoju na Malcie, eskadra popłynęła do Aleksandrii. Stamtąd Nelson odesłał jednostki z powrotem na Maltę, aby zablokować Francuzów.
Pod koniec września brytyjska eskadra (trzynaście uszkodzonych pod Abukirem okrętów) pod dowództwem komandora sir Jamesa Saumareza pojawiła się koło Malty. Ze względu na konieczność napraw jednostek, nie była w stanie uczestniczyć bezpośrednio w blokadzie, niemniej Saumarez spotkał się z przedstawicielami powstańców i 25 września wysłał do generała Vaubois ofertę rozejmu w ich imieniu. Francuski dowódca odpowiedział: „Vous avez, sans doute, oublié que des Français sont dans la place. Le sort des habitans [sic] ne vous regarde pointe.