Quant à votre sommation, les soldats français ne sont point habitués à ce style” („Być może zapomniał Pan, że to Francuzi trzymają to miejsce. Los mieszkańców to nie Pana sprawa. Co do ultimatum, francuscy żołnierze nie są przyzwyczajeni do takiego tonu”). Nie mogąc nakłonić przeciwnika do poddania się, Saumarez wyposażył siły maltańskie w 1200 karabinów, z którymi kontynuowano oblężenie. Pod koniec miesiąca brytyjska eskadra, by nie odwlekać naprawy okrętów, wypłynęła do Gibraltaru.
12 października brytyjskie okręty liniowe HMS „Alexander” (kmdr Alexander Ball), HMS „Culloden” (kmdr Thomas Troubridge) i HMS „Colossus” (kmdr George Murray) dołączyły do jednostek portugalskich, rozpoczynając formalną blokadę. Tego samego dnia Vaubois wprowadził ostatnich swoich żołnierzy, wraz z około setką Maltańczyków, chcących dołączyć do sił francuskich, do ufortyfikowanej Valletty. Garnizon osiągnął liczbę ponad 3000 żołnierzy, ponadto, przynajmniej początkowo, był dobrze zaopatrzony.