Wiosną 2016 Borja po raz drugi został graczem Deportivo Tuluá, tym razem grającego już w pierwszej lidze. Tam spędził fenomenalne półrocze – w wiosennym sezonie Apertura 2016 wywalczył tytuł króla strzelców ligi kolumbijskiej z dziewiętnastoma bramkami na koncie (był to najlepszy wynik od czasu wprowadzenia w Kolumbii półrocznych sezonów), po czym przeszedł do krajowego giganta – klubu Atlético Nacional z siedzibą w Medellín. Z miejsca wywalczył sobie niepodważalną pozycję w wyjściowej jedenastce zespołu prowadzonego przez Reinaldo Ruedę i jako kluczowy piłkarz triumfował z nią w najbardziej prestiżowych rozgrywkach Ameryki Południowej – Copa Libertadores. W rewanżowym meczu finałowym tego turnieju z ekwadorskim Independiente del Valle (1:0) strzelił zwycięską bramkę dla swojej drużyny. W tym samym roku wygrał również z Atlético Nacional puchar Kolumbii (z ośmioma golami został królem strzelców rozgrywek) oraz został najskuteczniejszym graczem Copa Sudamericana (strzelił sześć bramek), a jego ekipa dotarła do finału tego turnieju, przegrywając walkowerem z brazylijskim Chapecoense, którego zawodnicy zginęli tragicznie w katastrofie lotniczej.