W grudniu 2016 Borja wraz z Atlético Nacional wziął udział w Klubowych Mistrzostwach Świata, gdzie jego ekipa odpadła w półfinale z japońskim Kashima Antlers (0:3) i zajęła ostatecznie trzecie miejsce. Ogółem w 2016 roku strzelił 39 goli, co dało mu dziewiąte miejsce na liście najskuteczniejszych piłkarzy świata roku kalendarzowego. Został wówczas wybrany Południowoamerykańskim Piłkarzem Roku w prestiżowym plebiscycie gazety „El País” jako trzeci Kolumbijczyk w historii (po Carlosie Valderramie i Teófilo Gutiérrezie), a także znalazł się w Equipo Ideal de América – najlepszej jedenastce kontynentu. W barwach Atlético Nacional spędził pół roku.
W lutym 2017 Borja za sumę 10,5 miliona dolarów przeszedł do ówczesnego mistrza Brazylii – klubu SE Palmeiras. W Campeonato Brasileiro Série A zadebiutował 14 maja 2017 w wygranym 4:0 pojedynku z CR Vasco da Gama, dwukrotnie wpisując się na listę strzelców.