Zamieszki przeniosły się wkrótce na sąsiadujący z kościołem plac i pobliskie ulice. Tłum, który wylał się z gmachu de São Domingos, polował na „nowych chrześcijan” i mordował ich na miejscu. Jedynym przedstawicielem władzy, który pojawił się na placu, był miejski sędzia do spraw cywilnych nazwiskiem Pero de Lisboa. Usiłował on samotnie rozpędzić zbiegowisko, został jednak zaatakowany przez tłum i z trudem ocalił życie. Jego ucieczka jeszcze bardziej ośmieliła napastników. Do tłumu z kościoła de São Domingos dołączyli cudzoziemscy marynarze ze statków zakotwiczonych u ujścia Tagu, w większości Niemcy oraz mieszkańcy krajów Europy Północnej, a także miejscowy plebs zwabiony możliwością bezkarnego rabunku. Wkrótce pogrom ogarnął całe miasto. Uczestnicy zamieszek wdzierali się do domów „nowych chrześcijan”, okrutnie mordowali mieszkańców bez względu na wiek i płeć, a następnie grabili ich dobytek. W wielu wypadkach napady miały czysto rabunkowy charakter, a obok konwertytów ich ofiarą padali „starzy chrześcijanie”.