Wieczorem 20 kwietnia zamieszki zaczęły stopniowo wygasać. Wówczas jednak z klasztoru przy kościele de São Domingos wyszedł dominikanin, który dzierżył w dłoni wysoko uniesiony krzyż. Przy pomocy dwóch innych zakonników zorganizował religijną procesję i w ten sposób gwałtownie podsycił nastroje pogromowe. Istnieją przesłanki wskazujące, że od tego momentu masakra miała już zorganizowany charakter, a jej ofiary były wybierane z większą niż dotychczas starannością. Zamordowany został m.in. prominentny „nowy chrześcijanin” nazwiskiem Mascarenhas, który piastował stanowisko poborcy podatków.
Nie jest znana dokładna liczba ofiar pogromu. Szacunki podawane przez autorów żydowskich i chrześcijańskich wahają się od tysiąca do ponad czterech tysięcy mężczyzn, kobiet i dzieci.
Epilog thumb|Pomnik przed kościołem de São Domingos upamiętniający ofiary pogromu Pogrom zakończył się ostatecznie w czwartek 23 kwietnia. Tego dnia z lizbońskiej katedry wyszła procesja biczowników, której uczestnicy nawoływali ludność do spokoju i zaprzestania przemocy. Zareagowała również korona. Król Manuel polecił gubernatorowi Lizbony powrócić do miasta i surowo ukarać sprawców zamieszek. Wkrótce w trybie doraźnym powieszono setki prawdziwych i domniemanych uczestników pogromu.