W 1943 został członkiem Biura Politycznego KPA, był wtedy uważany za jednego z najbardziej zaufanych współpracowników Envera Hodży. Używał wtedy pseudonimu Deti.
W 1944 został członkiem sztabu generalnego Armii Narodowowyzwoleńczej, a także członkiem prezydium Antyfaszystowskiej Rady Wyzwolenia Narodowego. Po przejęciu władzy przez komunistów w 1944 jako jedyny wykształcony ekonomista w kierownictwie partii stanął na czele Państwowej Komisji Planowania, a w marcu 1946 objął tekę ministra gospodarki. W kwietniu 1947 wziął udział w negocjacjach w Belgradzie dotyczących umowy o współpracy ekonomicznej między Jugosławią a Albanią. Mając poparcie Envera Hodży, Spiru odrzucił projekt umowy, zakładającej przejęcie przez Belgrad pełnej kontroli nad gospodarką albańską. Jego postawa została uznana przez Titę za zdradziecką, a w samej Albanii kampanię przeciwko Spiru rozpoczął Koçi Xoxe, zwolennik bliskiej współpracy obu krajów.