Śmierć i pogrzeb W listopadzie 1947 na posiedzeniu Komitetu Centralnego KPA Koçi Xoxe oskarżył Spiru o prowadzenie nacjonalistycznej działalności antypartyjnej. Kiedy do rezolucji potępiającej przyłączył się Enver Hodża, Spiru w pokoju, w którym mieszkał, miał strzelić sobie z rewolweru w pierś. Ciężko ranny został przewieziony do szpitala, gdzie zmarł w nocy 20/21 listopada 1947 wskutek wykrwawienia. Pierwsze informacje, jakie ukazały się w prasie, opisywały śmierć Spiru jako efekt wypadku, wskutek nieostrożnego obchodzenia się z bronią. Badania szczątków Spiru przeprowadzone współcześnie podważają tezę o samobójstwie z uwagi na to, że kanał wlotowy pocisku znajdował się od strony pleców.
Pogrzeb Spiru odbył się na cmentarzu Bami w Tiranie. Potem jeszcze czterokrotnie ekshumowano ciało zmarłego. W 1993 w okresie dekomunizacji trumny z ciałami wysokich funkcjonariuszy partyjnych przeniesiono z Cmentarza Męczenników Narodu na cmentarz Sharre na przedmieściach Tirany. Rodzina Spiru, która nie została poinformowana o przeniesieniu, zdecydowała się na kolejną ekshumację – na cmentarz miejski w Durresie, gdzie obecnie znajduje się grób Nako Spiru.