Był również producentem Metal Gear Acid i Metal Gear Acid 2 wydanych na PlayStation Portable – dwóch gier należących do uniwersum Metal Gear, jednakże niemających nic wspólnego z prezentowanymi wcześniej historiami, będące same w sobie strategicznymi spin-offami.
W 2006 roku Kojima wyprodukował Metal Gear Solid: Portable Ops i napisał do niej scenariusz. Gra została wydana na PlayStation Portable i kontynuowała wydarzenia ze Snake Eater, wyprzedzając jednocześnie wydarzenia z Metal Gear. Rok później została wydana wersja gry Portable Ops Plus, w której zaimplementowano misje z oryginału, wykluczając całkowicie wątek fabularny.
Kojima chciał, aby postać Solida Snake’a pojawiła się w grze Nintendo Super Smash Bros. Melee, jednakże z powodu zbyt dalekiego poziomu produkcji gry, było to niemożliwe. Wraz z zatwierdzeniem Super Smash Bros. Brawl, producent serii Masahiro Sakurai skontaktował się z Hideo Kojimą i omówili włączenie Solida Snake’a do gry.