Przed wydaniem MGS2, Kojima wyprodukował grę Zone of the Enders w 2001 roku. W 2003 roku wyprodukował Boktai: The Sun Is in Your Hand na GameBoy Advance. Natomiast po premierze MGS2, Konami zdecydowało się na stworzenie remake’u pierwszego MGS zatytułowanego Metal Gear Solid: The Twin Snakes i wydania go tylko na konsolę GameCube. Gra została wydana w 2004 roku. Stylem rozgrywki jest taka sama, jak Sons of Liberty, ze wstawkami filmowymi wyreżyserowanymi przez Ryūhei Kitamurę.
Kojima zdecydował się na stworzenie trzeciej części Metal Gear Solid, zatytułowanej Metal Gear Solid 3: Snake Eater i wydanej na PlayStation 2 (pomimo wcześniejszych planów wydania jej na PlayStation 3). Nie jest ona sequelem części drugiej, a prequelem całej serii, przedstawiając historię sprzed pierwszego Metal Geara. Snake Eater zdobył bardzo dobre recenzje, jednakże nie tak dobre jak część druga czy chociażby pierwsza.
W międzyczasie Kojima wyprodukował Boktai 2: Solar Boy Django – sequel Boktai: The Sun Is in Your Hand, która również została wydana na GameBoy Advance.