Gra ta została wydana bezpośrednio przez Ultra Games (firmy należącej do Konami) również na konsolę NES bez wiedzy i udziału Kojimy, który otwarcie skrytykował ten port i zawarte w nim zmiany w rozgrywce.
Jego następnym projektem była gra przygodowa Snatcher, wydana na NEC PC-8801 i MSX2 w 1988 roku tylko na terenie Japonii. Pomimo iż Kojima wraz ze swoją grupą stworzył całą historię w grze, został wraz z zespołem zmuszony do porzucenia finałowego aktu fabularnego w związku z ograniczeniami czasowymi. Snatcher sam w sobie został przez recenzentów bardzo dobrze oceniony, którzy zwrócili szczególną uwagę na nowy sposób przedstawiania fabuły, wstawki filmowe i sceny dla dorosłych graczy, jak również na grafikę, ścieżkę dźwiękową, bardzo dobry scenariusz, voice-acting, sekwencje strzelane i komputerową bazę danych z fikcyjnymi dokumentami opisującymi przedstawiany świat w grze. Wersja gry wydana na Mega-CD jako jedyna została zlokalizowana na język angielski i wydana tylko na terenie Ameryki Północnej (w tym rejonie konsola ma nazwę Sega-CD), jednakże – według Jeremy’ego Blaunsteina, jednego z członków grupy, która zlokalizowała grę – Snatcher sprzedał się tylko w nakładzie paru tysięcy kopii.