Lata 90. W 1990 roku Kojima brał udział w produkcji dwóch gier na MSX2 – spin-offu Snatchera zatytułowanego SD Snatcher i sequelu pierwszego Metal Geara – Metal Gear 2: Solid Snake.
SD Snatcher to gra z gatunku RPG, która przedstawia tę samą historię co oryginalny Snatcher, która jednak zawiera oryginalną wersję planowanego przez Kojimę zakończenia. Została wydana tylko na MSX2 i tylko na terenie Japonii.
W związku z sukcesem Metal Geara na konsolę NES Konami zdecydowało się na samodzielne stworzenie sequelu gry na tę samą konsolę bez udziału Kojimy – Snake’s Revenge. Kojima podczas powrotu do domu został zapytany przez członka grupy odpowiedzialnej za pierwszego Metal Geara, czy nie planowałby stworzenie „prawdziwego” sequelu Metal Geara. W rezultacie Kojima faktycznie rozpoczął plany stworzenia swojego własnego sequelu tej gry, która została wydana na MSX2 tylko na terenie Japonii. Dopiero w 2006 roku została zlokalizowana na język angielski i wraz z częścią pierwszą dołączona dodatkowo do rozszerzonego wydania trzeciej części Metal Gear Solid.