Wszystkie jego dalsze projekty po Metal Gear 2 były planowane na wydanie ich na płytach, pozwalając tym samym na nagranie voice-actingu. W 1992 roku wydał port Snachera na PC Engine Super CD-ROM. Jedyna wersja angielska tej gry została wydana na Mega-CD w Europie i Sega-CD w Ameryce Północnej. Kojima bezpośrednio nie był zaangażowany w porty Snatchera wydane na PlayStation i Segę Saturn w Japonii w 1996 roku.
W 1994 roku Kojima stworzył Policenauts, grę przygodową będącą połączeniem gatunków noir i science-fiction na platformę NEC PC-9821. Nadzorował proces przeniesienia tej gry na 3DO w 1995 roku, na PlayStation i Segę Saturn w 1996 roku, w których wszystkie posiadały animowane wstawki filmowe niedostępne na pierwotnej platformie PC-98. Wszystkie wydano tylko w Japonii. Pomimo zaplanowanego zlokalizowania gry na język angielski w 1996 roku na konsolę Saturn wycofano się z produkcji z powodu problemów ze zsynchronizowaniem angielskich dialogów z przerywnikami filmowymi. Za tłumaczenie gry wzięli się fani, którzy o północy, 24 sierpnia 2009, publicznie wydali patch do wersji gry na PlayStation. Chcieli w ten sposób uczcić 46. urodziny Kojimy.