Na terenie zajętej Wileńszczyzny pozostały wojska sowieckie, rozlokowane w Nowej Wilejce, Gajżunach, Prenach i Olicie.

Polski poseł w Kownie Franciszek Charwat złożył notę protestacyjną w imieniu rządu polskiego. Strona litewska odpowiedziała, że Wileńszczyzna była i jest nierozerwalną częścią Litwy, którą Polska okupowała od 1920 roku. W odpowiedzi Charwat opuścił Litwę, zrywając tym samym stosunki polsko-litewskie. Michał Römer (Mykolas Römeris), litewski specjalista od prawa międzynarodowego i rektor Uniwersytetu Kowieńskiego twierdził, że Litwa nie naruszyła suwerenności Polski, ponieważ przejęła swoją stolicę w sposób pokojowy, od państwa, pod którego zarządem ona się chwilowo znajdowała. Argumentował, że z litewskiego punktu widzenia Polska nigdy nie nabyła prawa do posiadania Wilna, wobec tego Litwa zachowała neutralność w stosunku do Polski.

Społeczeństwo Litwy z reguły przyjęło wieść o przyłączeniu Wilna z entuzjazmem, na ulicach Kowna doszło do masowych demonstracji. Lewicowo nastawiony dziennikarz Justas Paleckis wystąpił z dziękczynną przemową w stosunku do Związku Sowieckiego, w której domagał się wolności dla więźniów politycznych i ustąpienia prezydenta Smetony;