W 2002 roku został pracownikiem w Instytucie Rozwoju Wsi i Rolnictwa PAN, gdzie jako profesor zwyczajny kierował Zakładem Integracji Europejskiej do 2022 roku.
W pracy naukowej zajął się zagadnieniami z zakresu problematyki społeczno-ekonomicznej, w szczególności takimi jak: rozwój gospodarczy, ewolucja i transformacja systemów społeczno-ekonomicznych, instytucjonalne uwarunkowania rozwoju, ekonomiczna rola państwa i sektora publicznego, integracja europejska, ekonomia rolnictwa i rozwoju obszarów wiejskich oraz naukowe podstawy polityki.
Od 2004 członek korespondent, a od 2013 członek rzeczywisty Polskiej Akademii Nauk. Powoływany m.in. w skład Komitetu Nauk Ekonomicznych PAN, rady naukowej Polskiego Towarzystwa Ekonomicznego, zarządu Europejskiego Stowarzyszenia Ekonomistów Rolnych (EAAE), a także na przewodniczącego rady programowej czasopisma „Ekonomista”. Był członkiem Polskiego Towarzystwa Socjologicznego oraz przewodniczącym rady programowej Fundacji na Rzecz Rozwoju Polskiego Rolnictwa (FDPA). Był członkiem honorowym Stowarzyszenia Ekonomistów Rolnictwa i Agrobiznesu.