W 1851 został członkiem Królewskiego Towarzystwa Astronomicznego, zaś w latach 1857–1862 był jego sekretarzem. W 1860 został członkiem Royal Society. Mimo sukcesów na polu astronomicznym, na początku lat 60. nie udało mu się objąć stanowiska dyrektora Cambridge Observatory po swoim byłym nauczycielu astronomii, Jamesie Challisie, o co zabiegał. Rozgoryczony Carrington wkrótce potem porzucił obserwacje astronomiczne w Redhill. W 1865 roku podupadł na zdrowiu, sprzedał rodzinny browar i przeprowadził się do wsi Churt w hrabstwie Surrey. Tam wybudował nowe obserwatorium, jednak już nigdy nie wznowił poważnych obserwacji astronomicznych.

W sierpniu 1869 roku poślubił Rosę Helen Jeffries (1845–1875). W listopadzie 1875 roku jego żona zmarła, prawdopodobnie przedawkowawszy leki nasenne. Carrington zmarł dziesięć dni później, 27 listopada, jako przyczynę zgonu podano wylew krwi do mózgu.