Po udanym sezonie, w którym został wicemistrzem, w następnym sezonie 1938/39 zajął przedostatnie 13.miejsce i spadł do Division 1. Ponadto, po zarzutach korupcyjnych przez graczy Unionu, zespół został ukarany przez degradację do Promotion. Po zakończeniu II wojny światowej sankcję wobec klubu zostały zniesione, ponieważ Union Saint-Gilloise nie był w stanie kontynuować występy w pierwszej lidze i jego miejsce w 1950 zajął Royal Daring Club de Bruxelles.
Klub startował w elitarnej dywizji w 1950 roku, aż w 1954 roku spadł ponownie do Division 2 (w 1952 nastąpiła zmiana nazw lig, najwyższa klasa nazywała się Division 1, druga - Division 2, itd.) Natychmiast zespół zwyciężył w drugiej dywizji i wrócił do Division 1, tym razem na okres trzech lat. Po roku nieobecności, w 1959 wrócił do najwyższej klasy rozgrywkowej. Potem klub już nie był w stanie odzyskać dawną pozycję, najlepszy wynik w tamtym okresie to piąte miejsce w klasyfikacji krajowej. W 1966 i 1969 roku klub bierze udział w rozgrywkach Pucharu Miast Targowych. W sezonie 1968/69 zajął ostatnie 16.miejsce w Division 1 i spadł do Division 2. Pomimo degradacji klub w 1970 roku dotarł do finału Pucharu Belgii, gdzie został zmiażdżony (1:6) przez FC Brugeois.