Klinika we Wrocławiu (1890–1905) mały|Asystenci Mikulicza Wrocławską katedrę Mikulicz objął 1 października 1890 roku. Początkowo klinika mieściła się w Szpitalu Wszystkich Świętych (obecnie nieistniejący już Wojewódzki Szpital Specjalistyczny przy placu Jana Pawła II): była wyposażona w 90 łóżek i dużą salę operacyjną. Hermann Fischer (1831–1919), poprzednik Mikulicza, przed swoim odejściem przeniósł klinikę do budynku Fundacji Marii Johanny Pulvermacher, wyposażonego w pawilon operacyjny. Klinika ta mieściła się przy Tiergartenstraße (obecnie Marii Skłodowskiej-Curie) i została otwarta już za kadencji Mikulicza, 1 kwietnia 1891 roku. W 1895 roku Mikulicz zakupił willę w Pełcznicy koło Świebodzic.
W 1896 wspólnie z Naunynem założył czasopismo „Mitteilungen aus den Granzgebieten der Medizin und Chirurgie”, z redakcją w JenieKozuschek, Jan Mikulicz-Radecki 1850-1905... s. 106..
W 1899 roku Mikulicz otworzył przy Tiergartenstraße 83/85 prywatną klinikę na 30 łóżek, w której zatrudniał dwóch asystentów i trzy pielęgniarki.