W samej twierdzy brakowało również jednolitego systemu dowodzenia. Teoretycznie twierdzę miały obsadzić bataliony forteczne wydzielone z Armii Zapasowej, którą dowodził Reichsführer-SS Heinrich Himmler, jednak to on był jednym z głównych zwolenników koncepcji odrzucającej możliwość zimowej ofensywy, zatem wszelkie możliwe oddziały posyłał do dowodzonej przez siebie Grupy Armii Górny Ren. Himmlerowi również podlegały oddziały SS i policji, które często wykorzystywano poza miastem, a wiele z nich na przełomie 1944 i 1945 znajdowało się nad Renem. W mieście mieściły się również sztaby dowódcy XXI Okręgu Wojskowego i V Luftgaukommando (Okręgu Powietrznego), jednak ani dowódcy ani ich oddziały nie podlegali w żaden sposób dowódcy twierdzy. Formowany natomiast z niemieckich mieszkańców Volkssturm podlegał Arthurowi Greiserowi. Na wschód od Poznania broniła się natomiast Grupa Armii „A”.