Niemców tak szybki rozwój natarcia w niespodziewanym przez nich kierunku zaskoczył. Alarm dla Twierdzy Poznań ogłoszono dopiero 20 stycznia, a dzień później rozpoczęto oficjalną ewakuację cywilnej ludności niemieckiej (wielu cywilów uciekało już wcześniej). W sposób zorganizowany z miasta wyprowadzono dowództwo XXI Okręgu Wojskowego oraz aparat Gestapo, które przed odejściem z miasta zamordowało jeszcze większość więźniów z ul. Młyńskiej, Domu Żołnierza (siedziba gestapo) oraz niezdolnych do chodzenia z obozu w Żabikowie. Podzielono wówczas obszar twierdzy na trzy rejony: Wschód – obejmujący prawobrzeżną część twierdzy, dowodzony przez płk. Gonella; Zachód – obejmujący lewobrzeżną cześć twierdzy, dowodzony przez mjr. Ewerta; Warta – wąski, niezabudowany obszar w dolinie Warty po obu stronach rzeki, dowodzony przez mjr. Hahna. Dodatkowo, dzięki ogłoszeniu alarmu, Mattern jako komendant twierdzy przejął pełnię władzy nad osobami w mieście, co wykorzystywał obejmując komendą wszystkich zdolnych do walki żołnierzy i volkssturmistów. W skład garnizonu włączono też urlopowanych żołnierzy którzy wracali do swoich jednostek i alarm zastał ich Poznaniu, a także resztki wycofujących się ze wschodu jednostek 9 armii (m.in.