Wydarzenia programu głównego Copernicus Festival, czyli wykłady oraz dyskusje panelowe, odbywają się w Gmachu Głównym Muzeum Narodowego w Krakowie. Wykłady są tłumaczone symultanicznie na język polski lub angielski przez zespół przewodzony przez Piotra Krasnowolskiego. Osobne pasmo stanowią spotkania z cyklu Śniadania mistrzów w kawiarni De Revolutionibus Books&Cafe przy ul. Brackiej. W bazylice Trójcy Świętej oo. Dominikanów wieczorami odbywają się koncerty połączone z wykładami. Program uzupełniają koncerty w klubie Forum Przestrzenie oraz nocne pasma filmowe organizowane w Kinie Mikro. Wśród pozostałych lokalizacji festiwalowych były lub są m.in.: krakowska PWST, Muzeum Manggha, Filharmonia Krakowska, Cricoteka i Obserwatorium Astronomiczne UJ.
Każdej edycji towarzyszy wydawany przez „Tygodnik Powszechny” bezpłatny katalog zawierający program oraz uzupełniające go artykuły popularnonaukowe. Copernicus Festival powstaje przy wsparciu środków miejskich, Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Fundacji na Rzecz Nauki Polskiej i Krakowskiego Biura Festiwalowego.
Wstęp na większość wydarzeń festiwalowych jest wolny. Wykłady i dyskusje są nagrywane i udostępniane na kanale YouTube Centrum Kopernika.