W latach 1862–1863 napisał i opublikował m.in. Zoology of Ancient Europe i Ornithology of Iceland. Gdy w kolejnych latach utworzono w University of Cambridge katedrę zoologii i anatomii porównawczej, był jednym z dwóch kandydatów na stanowisko pierwszego profesora – drugim kandydatem był dr W.H.D. Drosier. Przed głosowaniem prosił Darwina i Huxleya o poparcie, jednak nie uzyskał go. Darwin odpowiedział uprzejmie, że jego zdaniem w naukowym dorobku Newtona za bardzo dominuje ornitologia (brakuje np. prac o bezkręgowcach lub histologii). Mimo braku tego ważnego poparcia głosowanie, które odbyło się 1 marca 1866 roku, zakończyło się pomyślnie dla Newtona: uzyskał 110 głosów poparcia, pokonując kontrkandydata (82 głosy). Kierował katedrą do śmierci, czyli przez ponad 40 latZajmował stanowisko kierownika katedry najdłużej spośród wszystkich dotychczasowych kierowników. Jego bezpośredni następca, embriolog Adam Sedwick, pełnił tę funkcję zaledwie dwa lata, a drugie miejsce pod względem stażu zajmuje (John) Stanley Gardiner, który kierował katedrą przez 28 lat (1909–1937)..