Był zaangażowanym menedżerem nowej Katedry Zoologii oraz autorytetem w dziedzinie ornitologii (nieco ekscentrycznym erudytą). Uważa się, że nie stworzył żadnych istotnych teorii naukowych, jednak cieszył się dużym uznaniem w środowisku naukowym. Znajduje to np. wyraz w obszernej korespondencji, m.in. z Darwinem.
O wysokiej pozycji, którą zajmował w środowisku, świadczy też m.in. wybór w 1879 roku na przewodniczącego Cambridge Philosophical Society, które w 1819 roku założyli Adam Sedgwick i , przekonani o boskiej kreacji świata ożywionego (zob. O powstawaniu gatunków – powstanie teorii). Należał do założycieli i czasopisma „Ibis”, które współredagował. Był członkiem Linnean Society i Zoological Society of London oraz Royal Society (od 1870 roku). W 1900 roku otrzymał Royal Medal i Gold Medal of Linnean Society 1900.
Za istotne dla ochrony przyrody, prowadzonej obecnie zgodnie z prawem międzynarodowym (w tym np. konwencja o ochronie wędrownych gatunków dzikich zwierząt lub konwencja o różnorodności biologicznej), uważa się działania Alfreda Newtona, które podejmował starając się zwrócić uwagę na wymieranie gatunków spowodowane działalnością człowieka.