W 1812 Cuvier wspomniał liczne europejskie lokalizacje, w których znaleziono szczątki hieny jaskiniowej. Uznał ją za odrębny gatunek od krokuty cętkowanej ze względu na jej większe rozmiary. Opisał swój pogląd w Ossemens Fossiles (1823), zauważając krótsze i grubsze końce palców hieny jaskiniowej od krokuty cętkowanej. Jego pogląd został w większości zaakceptowany w pierwszej połowie XIX stulecia, znajdując wsparcie między innymi u de Blainville'a i Owena. Dalsze uzasadnienia rozdzielenia dwóch zwierząt obejmowały różnice w guzowej części dolnych łamaczy. Boyd Dawkins w 1865 stał się pierwszym, kto stanowczo podważył separację hieny jaskiniowej i krokuty cętkowanej, stwierdzając, że wspomniane wyżej cechy zębów wchodziły w zakres zmienności międzyosobniczej. W kolejnej pracy w 1877 stwierdził, że po porównaniu czaszek obu zwierząt nie widzi w nich specyficznych rozróżniających je cech.

Analizy sekwencji DNA mitochondrialnego cytochromu b u współczesnej afrykańskiej krokuty cętkowanej i plejstoceńskiej hieny jaskiniowej wykazały, że należą one do tego samego gatunku.