Później dzieło to było jeszcze przez niego rozbudowywane, tak że ostatecznie w 1770 r. liczyło ponad 6000 stron w trzech tomach. Potem zwiedził jeszcze Paryż, Londyn, pracował w kilku ogrodach botanicznych w Holandii i wydał tam kilka mniejszych prac naukowych. Wreszcie w 1738 wrócił do Szwecji, już jako znany naukowiec, i ożenił się z Sarą Moraeus. Otworzył praktykę medyczną w Sztokholmie, a w 1742 r. został profesorem na Uniwersytecie w Uppsali. Doceniono jego osiągnięcia, został pierwszym prezesem powstającej właśnie Królewskiej Szwedzkiej Akademii Nauk (brał aktywny udział w jej powstaniu), zaszczycono go tytułem szlacheckim, funkcją lekarza dworu królewskiego oraz członkostwem zagranicznym wielu uczelni.
Dom Karola Linneusza znajduje się w Råshult; odrestaurowany z otoczeniem w stylu epoki Linneusza, mieści sprzęty zgromadzone przez badacza. Zachowany jest XVIII-wieczny ogród kwiatowy z rosnącymi tam jak dawniej gatunkami ziół. Karol Linneusz nie znosił krytyki i miał szczególny sposób dokuczenia swoim przeciwnikom naukowym. Np. pewnemu niepozornemu gatunkowi chwastu nadał nazwę łacińską Siegesbeckia – od nazwiska Johanna Siegesbecka, który ośmielił się mieć inne zdanie niż on. Z kolei informacja, że Georges’a Buffona jakoby ukarał nadając jego nazwisko ropusze (łac.