Kościół św. Merkuriusza (Abu Sayfayn) został wzniesiony w 1781 przez Ibrahima Al-Jawhari, znaczącego koptyjskiego urzędnika. Budowla obejmuje kościół groty Pawła. Wieńczą ją trzy kopuły i beczkowate sklepienia. Merkuriusz miał być żołnierzem, który około roku 250 poniósł śmierć jako męczennik podczas prześladowań Decjusza. Jego imię Abu Sayfayn może być tłumaczone jako „Ojciec Dwóch Mieczy”. Sam święty jest zwykle przedstawiany w ikonografii jako jeździec trzymający dwa, wzniesione ponad głową miecze. Może być także obrazowany z włócznią w ręku, a pod koniem może być ukazywana postać Juliana Apostaty.
Największym kościołem w klasztorze jest kościół Archanioła Michała, wzniesiony w roku 1727 przez patriarchę koptyjskiego Kościoła Ortodoksyjnego Jan XVII, który przed objęciem zwierzchnictwa nad kościołem koptyjskim był mnichem tego klasztoru. Nawa główna jest podzielona na trzy sekcje. Pierwsza była przeznaczona dla tych, którzy nie dostąpili jeszcze chrztu, środkowa dla laikatu, a najbliższa prezbiterium dla tych, którzy przystępowali do komunii. W kościele znajdują się trzy wydzielone kaplice hajkal (ang. haykal). Południowa jest dedykowana św. Archaniołowi Michałowi, centralna Janowi Chrzcicielowi, a w północnej urządzono zakrystię. Higaby (ozdobne przegrody) pochodzą z prawdopodobnie z okresu budowy kościoła.