Hieronima (wykonanego w latach 375–377), niedługo przed śmiercią pustelnika informację o jego istnieniu mieli przekazać swojemu mistrzowi uczniowie św. Antoniego Wielkiego: Amathas i Makary. Po śmierci Pawła erem zamieszkiwali jego uczniowie. Mimo licznych napadów i zniszczeń klasztor zyskiwał nowe budowle oraz mnichów i przetrwał do czasów współczesnych. thumb|left|Donżon klasztorny
Architektura Główną budowlą klasztoru jest kościół Świętego Pawła, obejmujący miejsce historycznej pustelni Pawła z Teb. Pierwotny układ pustelni nie jest znany. Najstarsze zachowane relacje pielgrzymów z V i VI wieku nie zawierają wskazówek. Nie jest także pewne pierwotne położenie wejścia do groty. Prawdopodobnie była zlokalizowana w pobliżu wejścia do kościoła. Sama przestrzeń pustelni musiała służyć za kaplicę już niedługo po śmierci Pawła, a układ groty był sukcesywnie zmieniany i wykuwany w skale. Kościół ma dwa podziemne pomieszczenia: hajkal (kaplicę) dedykowaną św. Pawłowi, której ściany pokrywają freski z XII i XIV wieku, i małą nawę z cenotafem. Wykuty w późniejszym okresie korytarz i schody, wiodą w górę, do kościoła św. Merkuriusza.