Z losami klasztoru wiązana jest postać, urodzonego pod koniec VI wieku, Samuela Egipcjanina, który mieszkał w Naqlun przez trzy i pół roku. Gdy w okresie sporów w obrębie chrześcijaństwa do klasztoru zapowiedział przybycie melchicki patriarcha Cyrus, Samuel miał przekonać dwustu świeckich zamieszkujących klasztor oraz 120 mnichów do ucieczki w góry. Sam Samuel, po jego schwytaniu i późniejszym uwolnieniu, miał założyć swój klasztor na górze al-Qalamun (Qalamoun) w Górnym Egipcie, dokąd przeniosła się także część mnichów z eremu Archanioła Gabriela. W konsekwencji opuszczany klasztor zaczął tracić na znaczeniu i pozycji. W okresie pobytu Samuela w klasztorze Archanioła Gabriela miały w nim być przechowywane relikwie ojca Kwa, jednego z ważniejszych męczenników chrześcijańskich tego regionu. Być może z tego powodu klasztor zachowywał znaczenie do XV wieku, choć znacznym ciosem dla eremu był jeden z pożarów, który w XIII stuleciu w znacznym stopniu zniszczył budynki. Około 1200 roku koptyjski mnich Abu al-Makarim odnotowywał, że klasztor składał się z trzech części: kościoła Archanioła Gabriela, zespołu skupionego wokół kościoła Archanioła Michała i skalnych eremów rozsianych w okolicy.