Wydarzenia lat 1798–1800 udowodniły, że został dobrze wybrany na dowódcę oblężonego miejsca.
Belgrand de Vaubois na Malcie Dzisiaj jest on najczęściej pamiętany na Malcie, gdzie Napoleon mianował go 19 czerwca 1798 roku Commandant en chef des Isles de Malte et du Goze, zaledwie siedem dni po tym, jak Zakon Joannitów, władający tym archipelagiem od roku 1530, podpisał na okręcie flagowym Napoleona „L’Orient” akt kapitulacji. Następnie Napoleon ze swoją armią pożeglował do Egiptu, zabierając na swoim okręcie flagowym kosztowności Zakonu warte pięć milionów franków w złocie i milion w sztabkach srebra. (Flota Horatio Nelsona zatopiła „L’Orient” 1 sierpnia podczas bitwy w zatoce Abu Qir; skarby Rycerzy wciąż spoczywają tam na dnie morza.)
Napoleon zostawił na Malcie i Gozo garnizon 3053 żołnierzy, 5 kompanii artylerii i jednostkę medyczną. Francuzi przystąpili do ustanawiania szeregu nowych zasad. Ogłosili język francuski językiem oficjalnym. Chociaż początkowo próbowali uzyskać pomoc Kościoła katolickiego, lecz szybko popadli w konflikt z kościołem maltańskim, kiedy chcieli wprowadzić reformy rewolucji francuskiej. Znieśli jurysdykcję papieską, wprowadzili małżeństwa cywilne, usunęli wszystkich księży, zakonników i zakonnice nie będących Maltańczykami, oraz pozabierali z kościołów złote i srebrne kosztowności oraz obrazy.