Splądrowanie kościołów oburzyło mocno religijnych Maltańczyków. Ponadto wyprowadzenie większości pieniędzy z Monte di Pietà oraz Massa frumentaria wywołało bezprecedensowy kryzys finansowy. 2 września 1798 roku Maltańczycy powstali przeciwko francuskiemu garnizonowi w Notabile (Città Vecchia lub Mdina). W krótkim czasie powstanie rozprzestrzeniło się na całą Maltę i Gozo, powołane zostało National Assembly (Zgromadzenie Narodowe). Wystosowało ono petycję do króla Ferdynanda w Neapolu, oficjalnego suzerena Malty, o pomoc w walce z francuskimi okupantami. Choć Ferdynand przyrzekł wiele, zrobił mało, mając dość swoich własnych problemów, by zajmować się jeszcze sprawami lojalnych maltańskich poddanych.
Powstanie narodowe i przybycie Brytyjczyków
Jeszcze 18 września eskadra czterech portugalskich okrętów rozpoczęła blokadę Malty. Blokada ta – choć zmienna w liczbie i przynależności państwowej okrętów – trwała do kapitulacji Francuzów. Nelson wysłał siły brytyjskie pod dowództwem komandora Alexandra Balla, które przybyły 12 października 1798 roku. Maltańskie siły powstańcze zmusiły Francuzów do wycofania się do Valletty i Three Cities na brzegach Grand Harbour. 28 października upadło Gozo, francuski dowódca poddał się razem z 217 żołnierzami komandorowi Ballowi.