Statki Balla kontynuowały blokadę wojska generała Vaubois, skoncentrowanego w Valletcie. Spodziewając się bliskiej kapitulacji Francuzów, Nelson pisał do Balla w styczniu 1799 roku:
”...Biorąc pod uwagę sytuację Malty z królem Neapolu, to jest tak – on jest prawowitym suwerenem wyspy: dlatego sądzę, że jego flaga powinna powiewać. Jednocześnie, garnizon neapolitański zdradzi go dla pierwszego, kto będzie gotów ich przekupić. Jestem pewien, że król nie miałby problemów z przekazaniem swojej władzy zwierzchniej [nad Maltą] Anglii; a ostatnio otrzymałem od sir Williama Hamiltona notę, że Malta nie powinna być przyznana żadnemu mocarstwu bez zgody Anglii...
”P.S. – W przypadku poddania się Malty, błagam, nie rób niczego, co mogłoby zranić uczucia Ich Królewskich Mości. Połącz ich flagę z flagą Anglii, jeśli ta, z nastawienia wyspiarzy, nie może powiewać sama.„
Oblężenie Valletty W lutym 1799 maltańscy powstańcy straciwszy nadzieję na interwencję króla Ferdynanda, poprosili Balla, który wcześniej wylądował koło wioski Qrendi na południu wyspy, aby przewodził National Assembly (Zgromadzeniu Narodowemu). Zmienił on nazwę zgromadzenia na National Congress (Kongres Narodowy) i ogłosił się szefem rządu.