II wojna światowa Pomimo niezdolności do służby wojskowej (wada wzroku) zgłosił się do wojska we wrześniu 1939 jako ochotnik. Od samego początku okupacji należał do ścisłego grona tworzącego konspiracyjną Organizację Polską. W grudniu 1939 reprezentował konspiracyjne środowisko narodowo-radykalne w rozmowach ze Służbą Zwycięstwu Polski, którą reprezentował Henryk Józewski. Nie znając jego tożsamości – Bayer skrytykował sanację, wymieniając właśnie nazwisko Józewskiego.
Kontynuacją przedwojennego tzw. Terenu Prawnego (Adwokackiego) ONR był Związek Odbudowy Prawa, skupiający prawników, którego Kierownikiem był Bayer. W ramach struktury były wydawane fachowe periodyki: „Biuletyn Prawniczy” i „Polska Myśl Prawnicza”. Natomiast w ramach Służby Cywilnej Narodu w ramach Wydziału Administracyjno-Prawnego przewodził Sekcji Prawniczej, gdzie przygotowywano kadry osobowe i reformę administracyjną. Jednocześnie z drugiej strony włączył się w tworzenie konspiracyjnych struktur prawników (wchodził w skład Warszawskiej Rady Adwokackiej). . Zorganizował konspiracyjne Wydawnictwo Prawnicze. Na początku powstania warszawskiego kierował obroną przeciwlotniczą na ul. WspólnejK. Pędowski, Szpalty pamięci: Witold Bayer (1906-1992), „Palestra”, 36, 1992, 5-6 (413-414), s. 143..