Jego ciało pierwotnie spoczęło w podziemiach kościoła św. Magdaleny w Paryżu, jednak na skutek interwencji rodziny sprowadzono je wkrótce do Wielkopolski i złożono w krypcie grobowej w kościele w Brzóstkowie. Mowę pogrzebową wygłosił zaprzyjaźniony ze Sczanieckim Karol Libelt. Po śmierci Sczanieckiego do dworu w Brzóstkowie przeniósł się Józef Borzęcki (z małżonką), który został zarządcą majątku wdowy po pułkowniku.

Życie prywatne