Panufnik uczestniczył w jej założeniu i zarządzaniu, a od 1938 r. ustanowił i prowadził przy niej kurs budowy instrumentów lutniczych. W 1937 r. brał udział w inicjatywie uruchomienia Sekcji Instrumentów Muzycznych przy Muzeum Techniki i Przemysłu w Warszawie. Przed wybuchem II wojny światowej pracował również w charakterze rzeczoznawcy w warszawskiej Izbie Przemysłowo–Handlowej. W 1940 r. wiele jego instrumentów znajdujących się w pracowni przy ulicy Ks. Skorupki 14 zostało skonfiskowanych przez Niemców. Tenże warsztat przepadł w czasie powstania warszawskiego. W latach 1945–1950 przebywał w Krakowie, wciąż pracując na rzecz budowy fabryki instrumentów smyczkowych, następnie przeniósł się do Warszawy. Zmarł 18 września 1951 r. w Warszawie. Jego grób znajduje się na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 22-5-25).