W owym czasie na dworze wykształciły się trzy frakcje: muzułmańska, katolicka i protestancka, zabiegające o wpływy i lokalne przywództwo. Podczas pogromu chrześcijan z rozkazu Mwangi w latach 1886–1887, Kagwa uszedł z życiem i znalazł schronienie na terenie Ankole, a frakcje wspólnie odsunęły Mwangiego od władzy we wrześniu 1888 roku. W październiku 1888 roku muzułmanie dokonali zamachu stanu, po czym chrześcijanie wraz z Kagwą przywrócili Mwangiego na tron w październiku 1889 roku, a Kagwa został premierem – katikiro, nabywając coraz więcej władzy w królestwieInne źródła podają rok 1890, patrz Appiah (2010) lub Britannica (2008).. Interwencje niemieckich i brytyjskich agentów przyczyniły się do zwycięstwa frakcji protestanckiej nad katolicką i do dalszego umocnienia pozycji Kagwy. W 1894 roku Buganda stała się protektoratem brytyjskim, a Kagwa pomógł zarówno w organizacji administracji, jak i poszerzenia terytorium Bugandy. W 1897 roku Kagwa stłumił powstanie Mwangi i rewoltę muzułmańską, zmuszając władcę do ucieczki.