Nowym królem został roczny Daudi Chwa II, a Kagwa pełnił funkcje regenta aż do 1914 roku, kiedy król osiągnął pełnoletniość. Kagwa zdobył pełnię władzy jako premier i król przy pełnym wsparciu brytyjskim. Pod koniec XIX w. Kagwa udzielił wsparcia Brytyjczykom w tłumieniu buntu oddziałów sudańskich, co zaowocowało wynegocjowaniem dla Bugandy pewnej autonomii i podpisaniem stosownego porozumienia w 1900 roku. Kagwa i popierający go szefowie (bakungu) otrzymali ponadto na własność po dwadzieścia mil kwadratowych ziemi, co wzmocniło ich pozycje wobec głów klanów (bataka).
W 1902 roku Kagwa został zaproszony na ceremonię koronacji Edwarda VII, a w 1905 roku król nadał mu tytuł honorowy sirInne źródła podają rok 1902, patrz Woolf (1998).. Kagwa oprócz działalności politycznej, angażował się również w spisanie historii Bugandy, samemu pisząc w języku luganda, a jego prace zaowocowały wieloma publikacjami tłumaczonymi na angielski. Dzieła na temat historii Bugandy i jej odrębności kulturowej miały na celu legitymizację autonomicznego statusu królestwa w strukturach brytyjskich. Uznawany za jednego z pierwszych historyków afrykańskich.