Po przepłynięciu Atlantyku dwa statki musiały zostać porzucone na wschodnim wybrzeżu Ameryki Południowej. Trzy pozostałe przepłynęły Cieśniną Magellana na Pacyfik. Sztormy zniszczyły jeden statek i spowodowały konieczność zawrócenia drugiego. Drake popłynął dalej na północ, wzdłuż zachodniego wybrzeża Ameryki Południowej na ostatnim statku „Golden Hind” („Złota Łania”). Odebrał Hiszpanom wyłączność na obecność na Pacyfiku (do tej pory wozili złoto na nieuzbrojonych statkach), łupiąc po drodze wszystko, co tylko się dało, zdobywając hiszpańskie statki i atakując porty. Statek „Nuestra Señora de la Concepción”, zwany też „Cacafuego”, wiozący skarby w postaci złota, srebra i kamieni szlachetnych, oraz pereł, z Limy do Panamy, okazał się jego najbogatszą zdobyczą. Poszukując przejścia północnego na Atlantyk, dopłynął aż do obecnej granicy USA z Kanadą na południe od wyspy Vancouver. Nie znajdując oczekiwanego połączenia, skierował się na południe, obejmując oficjalnie (aczkolwiek czysto teoretycznie) w posiadanie królowej angielskiej odkrytą przez siebie Kalifornię (jako Nowy Albion).