Małgorzaty, z prośbą o zwrócenie ich kościołowi gimnazjalnemu po zakończeniu wojny.
Po wojnie podjęto decyzję o odbudowie kaplicy gimnazjalnej jako pierwszego obiektu sakralnego w mieście, gdyż według oceny jaślan najbardziej nadawała się ona do szybkiego uruchomienia. Dokonano odgruzowania, następnie wykonano drewniane sklepienie i konstrukcję dachu, po czym przykryto świątynię blaszanym dachem, wykonanym przy użyciu pociętych elementów dawnego pokrycia. Pracami kierowała parafia jasielska, która finansowała przedsięwzięcie. Część środków uzyskano z subwencji na odbudowę miasta. Już po kilku miesiącach, we wrześniu 1945 r., kaplicę z trzema prowizorycznymi ołtarzami otwarto dla wiernych. Do czasu odbudowy fary (pierwszą mszę po wojnie odprawiono tam 8 grudnia 1949 r.) przejęła ona funkcję kościoła parafialnego.
Ks. Aleksander Gotfryd pełnił funkcję rektora do 1961 r.; sprowadził do kościoła stacje Drogi Krzyżowej oraz zlecił prof. Wiktorowi Zinowi wykonanie projektu ołtarza głównego, który formą miał być zbliżony do tego sprzed wojny – projekt ten nie został jednak zatwierdzony przez Komisję Artystyczną i Liturgiczną Kurii Przemyskiej.