Po ustąpieniu ks. Gotfryda ze stanowiska rektora, budowla stała się kościołem filialnym – zaczęła podlegać bezpośrednio proboszczowi parafii jasielskiej. Wykonanie ołtarza głównego ks. Stanisław Dudziński, ówczesny pleban, powierzył rzeźbiarzowi-amatorowi Józefowi Koczapskiemu. Został on poświęcony 12 maja 1963 r. przez ks. bpa Franciszka Bardę. Równocześnie pokryto ściany prezbiterium polichromią i wykonano witraże. Prace kontynuowano w 1964 r.; projektantem polichromii wnętrza został prof. Stanisław Jakubczyk. Wykonał on także osiem mozaik przedstawiających polskich świętych i błogosławionych, które znalazły się na ścianach kościoła – część z nich została przysłonięta przez organy.
1 czerwca 1971 r., decyzją ks. bpa Ignacego Tokarczuka, utworzono parafię św. Stanisława, która objęła tereny wydzielone z północno-zachodniej części parafii Wniebowzięcia NMP i w początkowym okresie swojego istnienia liczyła ok. 4000 wiernych. Pierwszym proboszczem został ks. Stanisław Kołtak. W lutym 1976 r. parafia została oficjalnie uznana prawnie przez Urząd do Spraw Wyznań.