W 1936 roku Marie i Jean Epstein pomogli Henriemu Langlois i Georges’owi Franju przy gromadzeniu kopii filmów w nowo powstałym archiwum Cinémathèque française. W roku 1940 rodzeństwo Epstein zostało odsunięte od realizowania filmów, częściowo ze względu na zaangażowanie polityczne – wspierali bowiem Francuską Sekcję Międzynarodówki Robotniczej. Dzięki wstawiennictwie aktorki Orane Demazis uniknęli zsyłki do obozu koncentracyjnego. Po śmierci brata w 1953 roku Marie zrezygnowała z realizowania filmów i na stałe zatrudniła się w Cinémathèque française, zajmując się archiwizacją i konserwacją zgromadzonych tam materiałów. Realizowała program przenoszenia klasycznych francuskich filmów z latwopalnych taśm celuloidowych na bezpieczne nośniki z octanu celulozy. Wówczas zrekonstruowała m.in. Koło udręki (1921) oraz Napoleona (1925) Abla Gance’a. Pracowała w Cinémathèque do lat 80. Jej asystentką była montażystka Renée Lichtig.

Filmografia Współreżyserowane z Jeanem Benoît-Lévym: